Factura electrónica y factura certificada: Qué son y en qué se diferencian

Factura electrónica y factura certificada: Qué son y en qué se diferencian
Belén Fernández Belén Fernández
Publicado el 5 marzo, 2026 Actualizado el 20 abril, 2026 8 minutos de lectura

En los últimos años, hablar de facturación en España se ha convertido casi en hablar de normativa. Entre la Ley Antifraude, la factura electrónica obligatoria y el sistema Verifactu, muchas empresas y asesorías se encuentran con nuevos términos que no siempre están claros.

Uno de los más habituales es la diferencia entre factura electrónica y factura certificada. Aunque muchas veces se utilizan como si fueran lo mismo, en realidad se refieren a conceptos distintos.

Entender esta diferencia es importante, especialmente para empresas que quieren adaptarse correctamente a la normativa fiscal y evitar problemas con la Agencia Tributaria.

En este artículo explicamos qué es una factura electrónica, qué es una factura certificada y en qué se diferencian realmente.

Contenido del post

Qué es una factura electrónica

La factura electrónica es, básicamente, una factura en formato digital.

A diferencia de la factura tradicional en papel, se genera y se envía de forma electrónica, pero tiene la misma validez legal que cualquier factura convencional.

Esto significa que incluye los mismos datos obligatorios que una factura normal:

  • Número de factura
  • Fecha de emisión
  • Datos del emisor y del receptor
  • Descripción de los bienes o servicios
  • Base imponible e impuestos aplicables

La diferencia está en el formato y en el modo en que se gestiona.

Una factura electrónica no se imprime ni se entrega físicamente. Se crea mediante un sistema digital y se envía al cliente por medios electrónicos.

Sin embargo, aquí es donde aparece una de las confusiones más comunes.

No todo documento digital es necesariamente una factura electrónica en sentido técnico.

Factura electrónica no significa simplemente un PDF

Muchas empresas creen que enviar una factura en PDF por correo electrónico ya es una factura electrónica.

En realidad, desde el punto de vista técnico y legal, una factura electrónica suele implicar algo más.

La factura electrónica puede utilizar formatos estructurados, como XML o Facturae, que permiten que los sistemas informáticos procesen automáticamente la información.

Esto facilita, por ejemplo:

  • la integración con programas de contabilidad
  • la automatización de procesos administrativos
  • el intercambio de datos entre empresas

Por este motivo, cada vez más organizaciones utilizan sistemas de facturación que generan facturas electrónicas de forma automática.

Además, con la futura obligatoriedad de la factura electrónica en operaciones entre empresas, este tipo de facturación será cada vez más habitual.

Qué es una factura certificada

La factura certificada, por su parte, no se refiere tanto al formato del documento como al modo en que se genera.

Una factura certificada es una factura emitida mediante un software que garantiza la integridad y la trazabilidad de la información.

Esto significa que el sistema de facturación asegura que:

  • la factura no puede modificarse una vez emitida
  • existe un registro del documento generado
  • se mantiene un historial verificable de las facturas

Este tipo de control es especialmente relevante en el contexto de la Ley Antifraude, que busca evitar manipulaciones en los sistemas de facturación.

En otras palabras, el objetivo de la factura certificada es garantizar que las facturas emitidas por una empresa no pueden alterarse posteriormente.

Por qué surge la factura certificada

Durante años, algunos programas de facturación permitían modificar o eliminar facturas sin dejar rastro.

Esto abría la puerta a prácticas irregulares como la manipulación de ingresos o la eliminación de ventas registradas.

Para evitar estas situaciones, la normativa española ha introducido nuevas obligaciones para los sistemas informáticos de facturación.

Los programas deben garantizar:

  • la integridad de los datos
  • la conservación de la información
  • la trazabilidad de las operaciones

La factura certificada nace precisamente de este contexto: facturas generadas por sistemas que cumplen estos requisitos.

Diferencias entre factura electrónica y factura certificada

Aunque ambos conceptos suelen confundirse, en realidad responden a cuestiones diferentes.

La factura electrónica hace referencia al formato del documento.

La factura certificada se refiere al sistema que genera la factura y a las garantías de integridad que ofrece.

En la práctica, esto significa que:

  • una factura puede ser electrónica sin ser certificada
  • una factura certificada puede ser electrónica o incluso en papel

Por ejemplo, una factura en PDF enviada por correo electrónico sería una factura electrónica en sentido general, pero no necesariamente una factura certificada si el sistema que la genera permite modificarla posteriormente.

Por el contrario, una factura emitida desde un software que cumple con los requisitos de la normativa antifraude puede considerarse certificada, independientemente de si se envía en formato digital o impreso.

Qué relación tiene con la Ley Antifraude

La diferencia entre factura electrónica y factura certificada cobra especial importancia con la Ley Antifraude.

Esta normativa establece nuevas obligaciones para los sistemas de facturación utilizados por empresas y autónomos.

Entre otras cosas, exige que los programas de facturación:

  • garanticen la integridad de las facturas
  • eviten la manipulación de registros
  • permitan verificar la trazabilidad de los documentos

Para cumplir con estos requisitos, muchas empresas deberán utilizar software de facturación adaptado a la normativa.

Esto es lo que da lugar a los sistemas que generan facturas certificadas.

Qué es el sistema Verifactu

Dentro de este nuevo marco normativo aparece también el sistema Verifactu.

Verifactu es un sistema impulsado por la Agencia Tributaria que permite remitir información de facturación de forma automática.

Los programas de facturación adaptados a Verifactu pueden enviar los registros de facturas directamente a la Administración.

Esto aporta mayor transparencia y facilita el control fiscal.

Aunque el uso de Verifactu es voluntario en algunos casos, muchos expertos consideran que será una de las soluciones más utilizadas para cumplir con la normativa antifraude.

Factura electrónica obligatoria entre empresas

Otro cambio importante es la futura obligatoriedad de la factura electrónica en operaciones entre empresas y autónomos.

Esta obligación surge de la Ley Crea y Crece, cuyo objetivo es impulsar la digitalización y mejorar el control de los pagos.

Cuando esta normativa esté plenamente implantada, las empresas deberán emitir facturas electrónicas en sus relaciones comerciales.

Esto significa que la facturación digital será cada vez más habitual en el tejido empresarial.

Sin embargo, esta obligación no sustituye a los requisitos de la Ley Antifraude.

Por tanto, las empresas deberán asegurarse de que sus sistemas de facturación cumplen ambas normativas.

Ejemplos prácticos para entender la diferencia

Para entender mejor la diferencia entre ambos conceptos, veamos algunos ejemplos.

Una empresa que genera facturas en Excel y las envía en PDF por correo electrónico está utilizando facturas digitales, pero su sistema no garantiza la integridad de la información.

En ese caso, no se trataría de una factura certificada.

En cambio, una empresa que utiliza un programa de facturación que registra cada factura emitida y evita su modificación posterior estaría generando facturas certificadas.

Si además el sistema genera el documento en formato digital y lo envía electrónicamente al cliente, la factura sería electrónica y certificada al mismo tiempo.

Por qué es importante adaptarse a la normativa

Los cambios regulatorios en materia de facturación no son solo una cuestión técnica.

También tienen implicaciones importantes para la gestión empresarial.

Utilizar sistemas de facturación que cumplan con la normativa permite:

  • evitar sanciones fiscales
  • mejorar el control interno de la facturación
  • automatizar procesos administrativos
  • reducir errores contables

Además, la digitalización de la facturación facilita la integración con otros sistemas de gestión, como programas de contabilidad o ERP.

La digitalización de la facturación en las empresas

La transformación digital también está llegando al ámbito de la gestión administrativa.

Cada vez más empresas están dejando atrás los procesos manuales y adoptando herramientas digitales que permiten gestionar facturas, cobros y contabilidad de forma integrada.

Esto no solo mejora la eficiencia operativa, sino que también facilita el cumplimiento de las nuevas obligaciones legales.

En un entorno donde la normativa fiscal evoluciona con rapidez, contar con sistemas adaptados a los requisitos legales se ha convertido en una prioridad para muchas organizaciones, también suponen nuevos retos de la facturación electrónica.

Aunque muchas veces se utilizan como sinónimos, factura electrónica y factura certificada no significan lo mismo.

La factura electrónica hace referencia al formato digital del documento, mientras que la factura certificada se refiere al sistema que garantiza la integridad y trazabilidad de las facturas.

Ambos conceptos están cada vez más presentes en el marco regulatorio español, especialmente con la Ley Antifraude y la futura obligatoriedad de la factura electrónica entre empresas.

Por eso, comprender cómo funcionan estos sistemas y adaptar los procesos de facturación a la normativa vigente es fundamental para empresas y asesorías que quieren evitar problemas y mantener una gestión fiscal adecuada.